故事里的孩子第一次跟随爸爸来到爸爸工作的工厂，在厂房的外面有一个“秘密基地”。他们走在树林下的小径上，倾听来自林中动物的鸣叫声，它们好像在合唱。很多在白天沉寂的动物会在夜晚活跃起来，在夜幕的保护下，它们变得更加大胆，更加善于表达。所有这些声音汇集到一起，形成了夜晚所独有的声音组合，暗示着此处生态的丰富。

这里不仅有花草树木，还有潺潺溪流。爸爸道出了这个“秘密基地”的来历。它是由建造工厂时剩下的土堆改造而成。爸爸和他的同事们在这里种植树木，养护树林。而溪水则来自收集的雨水、空调冷凝水和饮水机的回收水。有树有水，这样一片绿地自然吸引来了周围的各种动物，它们来这里安家，成为“秘密基地”的小伙伴。

在《爸爸的秘密基地》这个故事的最后，当人造的强光关闭之后，父子俩发现周围闪烁着微光，是数不清的萤火虫。在树上、草尖上的是成虫，在水中的是幼虫。这是一种特别的水栖萤火虫——黄缘萤。萤火虫对生态环境的要求是非常苛刻的，唯有干净、未被污染的地方才会被它们视为家园。这说明“秘密基地”的建设者没有使用过农药或杀虫剂，尽力保持这里的自然生态环境，没有过多的刻意修整，这里是野生动植物的天堂。在一座城市中，这样的地方并不多。很多公园看似树木茂盛、绿草如茵，但我们却几乎看不到多少昆虫与动物，在化学药品的保护下，移植来的各种观赏植物看似组成了一片繁荣的美景，然而背后却是生态的深度割裂。反而是这些近乎“粗鄙”的荒地才是城市生态的星星之火，这里不仅是爸爸的“秘密基地”，也是萤火虫与其他生灵的“秘密基地”。